Les forêts de Vanoise colonisent essentiellement les versants des vallées. Elles proviennent soit de zones qui sont restées boisées depuis plusieurs siècles (forêts anciennes), soit de zones anciennement défrichées mais qui se sont recolonisées depuis (forêts récentes), notamment sur les versants exposés au sud où l’agriculture a été abandonnée (montagnettes). 

Les différents types de forêt se répartissent selon la position dans les vallées, l’altitude et le substrat. La pluviosité de la Maurienne avec le pôle de sécheresse est un aussi facteur important. À l’étage montagnard, la formation forestière majoritaire est la sapinière-pessière. En Haute Maurienne, et plus ponctuellement en Tarentaise, on trouve également diverses pineraies en adret. 

En partie inférieure du subalpin, les pessières dominent. Celles-ci ne se rencontrent que jusqu’à une altitude d’environ 2000 m, ce qui est en partie dû au pâturage dans les zones supra-forestières. C’est en partie supérieure du subalpin que les cembraies se développent, en majorité sur substrat acide. Les cembraies sur roches carbonatées ou sulfatées sont beaucoup plus rares et méritent une protection absolue du fait de leur rareté, de leur variété spécifique et de leur fragilité, sans compter leur grand intérêt paysager. 

Les pineraies à crochets sur les sols gypseux ou calcaires sont en revanche plus courantes (Maurienne, Dent du Villard). Quant au mélèze, il apparaît quand les conditions de lumière le permettent et devient de plus en plus dominant au fur et à mesure que l’on va vers le fond des deux vallées. Il colonise notamment les couloirs d’avalanches et les anciens pâturages à partir du subalpin. Il a ainsi souvent été favorisé par l’homme, par exemple dans les prés-bois. Les limites altitudinales supérieures de ces essences ne sont pas connues avec précision, puisque la pratique multi-séculaire du pâturage a empiété sur les forêts. 

Le pin cembro et le mélèze recolonisent maintenant des zones délaissées très haut en altitude et des arbres isolés ont même été découverts sur des falaises vers Saint-André jusqu’à 3200 m d’altitude. La Maurienne se différencie de la Tarentaise par une plus faible proportion de stations fertiles et inversement par les grandes superficies de pineraies, liées à des conditions climatiques plus sèches (pôle de sécheresse reconnu entre Saint-Julien-Mont-Denis et Val Cenis-Termignon avec un minimum vers Avrieux) et/ou des formations géologiques particulières (gypse en particulier). Ces pineraies sont aussi caractéristiques des forêts domaniales, implantées sur des ravines et souvent reboisées avec des pins. Les feuillus sont assez rares. 

Quelques hêtraies-sapinières existent en Tarentaise. Cependant du côté Haute Maurienne, la zone du hêtre s’arrête avant le parc (plusieurs publications la situe vers Saint-Michel-de-Maurienne, mais l'aménagement de la forêt communale de Saint-André montre qu'il est présent à l'état disséminé). Enfin, dans les zones alluviales, des aulnaies blanches peuvent se développer, avec présence d’autres feuillus caractéristiques. Ce type de forêt est très minoritaire. On en trouve par exemple à Bessans, sur la ripisylve de l’Arc. 

En Vanoise, la majorité des forêts sont la propriété des communes et sont alors gérées par l’Office national des forêts. Vu les difficultés d’exploitation sur ces versants raides avec peu ou pas de desserte, environ la moitié des peuplements ne sont plus exploités voire sont laissés en libre évolution. Le Parc national de la Vanoise se focalise depuis longtemps sur deux sites à forts enjeux : la forêt de l’Orgère (Villarodin-Bourget) et la forêt de Tuéda (Les Allues). Des protocoles de suivi à long terme y sont déployés et de nombreuses études y sont conduites.